Este videojuego utiliza el sistema de proporciones (ratio), en el cual se clasifica la fortaleza general de los personajes, organizandolos desde el rango 1 a 4. Se pueden crear equipos de hasta cuatro integrantes, pero su rango total combinado deber ser igual y no mayor que 4. La jugabilidad utiliza el estilo de formato de cuatro botones característico de SNK. El jugador también tiene su elección de groove o medidor de ataque para sus personajes. El groove de SNK esta basado en el modo Extra del videojuego The King of Fighters '94 hasta el videojuego The King of Fighters '98, mientras que el groove de Capcom esta basado en el sistema de juego de la saga Street Fighter Alpha.
En el año 2000, un evento de artes marciales especial es planeado en colaboración por dos de las más poderosas organizaciones mundiales: Garcia Financial Clique y Masters Foundation. El evento de gala aliviarían los conflictos políticos entre ambas potencias. Dicho evento fue nombrado como "Millennium Fight 2000". Muchos artistas marciales renombrados se registraron para el torneo. Las personas alrededor del mundo se enfocan intensamente en las próximas exhibiciones. La tan esperada ceremonia de inauguración es un enorme éxito. Nadie se percata de las señales de caos inminente...
Street Fighter
Ryu
Ken Masters
Sagat
Street Fighter II
Chun-Li
William Guile
Dhalsim
Jimmy Blanka
Zangief
Edmond Honda
Balrog
Vega
M. Bison (jefe final)
Super Street Fighter II Turbo
Cammy White
Akuma (sub-jefe)
Street Fighter Alpha
Dan Hibiki (solo en versión Pro)
Sakura Kasugano
Evil Ryu (sub-jefe)
Darkstalkers
Morrigan Aensland
Fatal Fury
Terry Bogard
Joe Higashi (Solo en versión Pro)
Kim Kap Hwan
Mai Shiranui
Raiden
Ryuji Yamazaki
Geese Howard (jefe final)
The King of Fighters
Kyo Kusanagi
Benimaru Nikaido
Iori Yagami
Vice
Rugal Bernstein
Orochi Iori (sub-jefe)
Samurai Shodown
Nakoruru
Art of Fighting
Ryo Sakazaki
Yuri Sakazaki
King
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