International Superstar Soccer 98 contó con 6 modos de juego diferentes:
Partido: un partido amistoso contra el ordenador u otro jugador con opciones de estadio, el clima y la hora del día, así como desventajas en el partido (condición en jugadores, fuerza del portero y el número de jugadores en el campo, de 7 a 11). También fue posible observar partidos CPU vs CPU.
Copa Internacional: Este modo es donde el jugador selecciona un equipo de una región e intenta llegar al equipo a la International Cup 98, empezando desde la perspectiva de clasificación en regiones.
Los modos de juego de International Superstar Soccer 98 nintendo 64
Liga mundial: 48 equipos internacionales participan en un torneo de partidos ida y vuelta.
Escenario: 16 situaciones en donde el jugador se coloca en un partido en progreso. Dependiendo de la dificultad, el jugador debe asegurar una victoria (en partidos fáciles), o ganar un partido desempatando o ganando el partido (en niveles de dificultad más altos).
Modo Penales: Dos equipos toman una serie de penales de 5 para ganar. En caso de empate, se irán a muerte súbita.
Entrenamiento: Práctica de tiros libres, saques de esquina, a la defensiva y jugar con un equipo seleccionado. El jugador también puede practicar libremente en todo el campo sin un equipo contrario.
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