El emulador utiliza una arquitectura de complementos que permite ampliar sus capacidades mediante la instalación de complementos adicionales. Aunque los complementos están numerados y es poco probable que aumenten su cantidad en el futuro cercano, el enfoque del complemento sigue siendo sólido: es posible cambiar a nuevas versiones actualizadas de los complementos sin cambiar la versión del programa principal y viceversa. A finales de 2010, el programa se ejecuta en sistemas operativos Windows de 32 bits y de 64 bits y no utiliza más de 2 núcleos en CPU multinúcleo (1 núcleo se utiliza para fines de emulación principal y el segundo es para fines de complementos como gráficos de representación, sonidos de salida o PAD funciona).
PCSX2, como su predecesor para PlayStation PCSX, está basado en una arquitectura de plugins separando varias funciones del emulador que se usan mediante librerías DLL. Estos son los gráficos (GS), controles (PAD), unidad CD/DVD (CDVD), USB, sonido (SPU32) y firewire (FW). Diferentes plugins pueden producir diversos resultados dependiendo del juego y las características del PC.
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